После изменения устава в структуре Центра системы мониторинга рыболовства и связи появилось три новых филиала: Астраханский, Ленинградский и Новороссийский. Приказом Росрыболовства от 24 августа 2012 г. № 705 в устав ФГБУ «ЦСМС» внесены изменения. В частности, Астраханский, Ленинградский и Новороссийский территориальные отделы учреждения переименованы в филиалы.